Тіло евглени зеленої являє собою довгасту клітину зеленого кольору яке покрите оболонкою, яка називається пелікулою. Задній кінець тіла — загострений, передній — закруглений і має два джгутики, один з яких редукований, короткий, а другий — довгий тонкий який слугує їй для пересування. Евглена робить до 40 обертів на секунду джгутиком, завдяки чому заднім кінцем тіла швидко пересувається у воді. Другий джгутик (короткий) не виходить поза пелікулу. Живе зазвичай у застояній воді, де багато гниючих органічних решток. Має невеликі розміри — до 200 мкм (0,2 міліметра).