Должность сёгуна существовала и до установления сёгуната. Её занимал полководец, которого императорских двор посылал на выполнение того или иного задания. Но в результате гражданских войн между самурайскими домами эта должность стала наследственной. Сёгуны забрали себе всю полноту власти, оставив императорам лишь культовые функции и формальную власть.
В истории сёгуната с установления его в XII веке до низложения последнего сёгуна в XIX насчитывается 4 периода: Камакура, Муромати, Адзути-Момояма, Эдо. Они выделяются по тому, в каком городе находилась ставка сёгуна, то есть столица. Внутри этих периодов выделяются подпериоды по правившим династиям сёгунов