В отличие от змей, у большинства ящериц (за исключением некоторых безногих форм) имеются в той или иной степени развитые конечности. Хотя безногие ящерицы внешне похожи на змей, у них сохраняется грудина, а у большинства — пояса конечностей; в отличие от змей, левая и правая половины челюстного аппарата неподвижно сращены. Характерным признаком подотряда является также неполное окостенение передней части мозговой коробки и не более двух крестцовых позвонков.[3]
У безногих ящериц глаза, как правило, снабжены подвижными раздельными веками, в то время как у змей веки срослись, образовав на глазах прозрачные «линзы». Также они отличаются рядом других особенностей, таких например, как строение и структура чешуи.
Многие виды ящериц способны отбрасывать часть хвоста (аутотомия). Через некоторое время хвост восстанавливается, но в укороченном виде. Во время аутотомии особые мышцы сжимают кровеносные сосуды в хвосте, и кровотечения почти не возникает.