В Индийском океане расположены хребты микроконтинентов (Мозамбикский, Мадагаскарский, Маскаренский), имеющие материковый тип земной коры, по мнению многих исследований, это обломки Гондваны, расколовшейся в начале мезозоя на южные материки. Шельф в океане развит слабо, только на севере Австралии. Желоба Индийского океана не глубокие, такие, например, как Тиморский 3310 м и Кай - 3680 м. Максимальная глубина находится в Яванском желобе (7209 м).