Во-первых гипоталамус входит в так называемую систему гипоталамус - гипофиз - надпочечники, где гипоталамус - высший эндокринный регулятор. Пото гипоталамус выделяет специальные вещества под названием рилизинг-гормоны, которые регулируют работу гипофиза(тормозят или наоборот стимулируют).
Да и потом сам же гипофиз анатомически связан с гипоталамусом. Можно убедится в этом посмотрев картинку как они расположены:
