Прежде всего, аллегория - это художественное представление идей или понятий путем создания образов.
Ларчик собой представляет образ любой простой ситуации, которую люди усложняют себе сами и потом не знают, как ее решить. В конкретной ситуации с ларчиком механики мудрец не мог его открыть, ища хитрости и секреты в нем, тем самым усложняя себе задачу.
Финальной фразой «А ларчик просто открывался», Крылов как бы объясняет своему читателю, что не стоит слишком усложнять поставленные задачи, не попробовав решить их самым простым путем.