Переход к сословно-представительной монархии знаменовался существенными изменениями в государственном аппарате. Важнейшим из них было возникновение представительных органов. Однако и прежние государственные органы претерпели серьезные изменения.
В отличие от раннефеодального государства теперь была возможна только одна форма правления — монархия. Но статус монарха несколько меняется. Иван 4 провозглашает себя царем, и этот титул приживается. Это было не простой формальностью, а отражало действительное возрастание силы монарха.
Вместе с тем царь не может обойтись без старого, традиционного органа — Боярской думы. Правда, значение Боярской думы в течение периода меняется, имея общую тенденцию к снижению. Тем не менее, Боярская дума ограничивает монарха, поэтому говорить о самодержавии еще не пришло время. Даже введение опричнины принципиально ничего не могло изменить. Царь вынужден был лишь через несколько лет отказаться от нее, так как понял, что может лишиться всякой социальной опоры, ибо террором были недовольны уже все слои господствующего класса. Опричнина не уничтожила значения Боярской думы как высшего органа государственной власти, не поколебала принципа местничества, ограждавшего привилегии знати .
После смерти Бориса Годунова роль Боярской думы на время возросла. В 1610 г. в результате борьбы между группировками господствующего класса последовало свержение с престола царя Василия Шуйского. Вся полнота власти временно перешла к Боярской думе. Некоторое время государством фактически управляли семь влиятельных бояр, что в истории получило название семибоярщины.
Принципиально новым высшим органом государства стали земские соборы. Через них царь привлек к управлению государством определенные круги дворянства и посадского населения. Земские соборы были необходимы монарху для поддержания крупных мероприятий — ведения войны, изыскания новых доходов и пр. Цари, опираясь на земские соборы, могли через них проводить соответствующую политику даже вопреки воле Боярской думы. Первый собор (названный собором примирения) царь и феодалы, напуганные восстанием горожан в Москве, созвали в 1549 г. Этим способом господствующей верхушке удалось несколько утихомирить недовольных. Создавалась видимость привлечения к государственному управлению не только бояр и дворян, но также и других слоев населения.
В земские соборы входили царь, Боярская дума, верхи духовенства — Освященный собор в полном составе. Они составляли верхнюю палату, члены которой не избирались, а участвовали в ней в соответствии с занимаемым положением. Нижняя палата была представлена выборными от дворянства, верхов посадских людей (торговые люди, крупное купечество). Выборы в нижнюю палату проводились не всегда. Иногда при срочном созыве собора представители приглашались царем или должностными лицами на местах. Значительную роль в земских соборах играли дворяне, и особенно торговые люди, участие которых было особенно важно для решения различных денежных проблем (для обеспечения средствами при организации ополчения и др.).
Продолжительность заседаний земских соборов зависела от обстоятельств и существа обсуждавшихся вопросов. В ряде случаев земские соборы функционировали непрерывно по несколько лет. После изгнания иностранных интервентов, в первые годы правления Михаила Романова, страна переживала экономическую разруху и серьезные финансовые трудности. Царизм нуждался в поддержке различных слоев населения, особенно богатейших кругов торговых людей. Земские соборы в то время заседали почти непрерывно. С 20-х годов 17 в. земские соборы стали собираться реже. Созыв последних соборов относится ко второй половине 17 в.