Зависит от файловой системы. Если FAT32 то в корневой каталог можно кинуть не более 512 файлов и папок, количество файлов в одной папке теоретически ограничено числом 268.435.437, практически же уже на числе 45 000 система может отказаться записывать файлы в эту папку. В NTFS насколько знаю количество файлов в папке не ограничено.