Нет разницы.
Относительно корабля и Д'Артаньян и Рошфор покоятся (и их пистолеты тоже, и их пули вылетают с одинаковыми скоростями).
Земля, например, вращается, и поверхность ее движется с запада на восток с огромной скоростью, но нет разницы, где вам стоять при дуэли, на востоке или на западе.