До избрания на московскую кафедру был игуменом Соловецкого монастыря, где проявил себя как способный руководитель. Из-за несогласия с политикой Ивана Грозного и открытого выступления против опричнины попал в опалу. Решением церковного собора лишён сана и отправлен в ссылку в тверской Отроч Успенский монастырь, где был убит Малютой Скуратовым.
В 1652 году по инициативе патриарха Никона мощи Филиппа были перенесены в Москву. Он был прославлен для всероссийского почитания как святитель
Избранный Патриархом в 1606 году Казанский митрополит Гермоген (Ермоген) вскоре стал признанным духовным главой государства. Разгоревшаяся с новой силой Смута потребовала от него подвижнического служения Отечеству. Велика роль Гермогена в собирании русского народа на борьбу с иноземными завоевателями. Он стал духовным стержнем сопротивления, во главе которого стояли Дмитрий Пожарский и Кузьма Минин.
С декабря 1610 года Патриарх, находясь в заключении в Чудовом монастыре, куда его заточили поляки, рассылал по городам грамоты с призывом к борьбе с польской интервенцией. Благословил оба ополчения, призванные освободить Москву от поляков. Грамоты, рассылавшиеся Патриархом по городам и селам, призывали русский народ к освобождению Москвы от врагов. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом ему смертной казнью. Святитель твердо отвечал: «Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру».
Поляки жестоко пытали Патриарха и в конце концов уморили его голодом, но не сломили. Гермоген мученически умер 17 февраля 1612 года. Весть о его подвижнической смерти стала мощным стимулом для укрепления народного духа.
Святость патриаршего подвига, как и его личности в целом, была отмечена Господом — при вскрытии в 1652 году раки с мощами преподобного явилось чудо: через 40 лет после смерти Гермоген лежал как живой. Его нетленные мощи были перенесены в Успенский собор Московского Кремля.
В 1913 году Патриарх Гермоген был причислен к лику святых. Тогда же было принято решение воздвигнуть ему памятник у стен Кремля. Но после революции на том месте был установлен мавзолей. Только через сто лет после прославления Гермогена - 25 мая 2013 года благодарные потомки открыли ему памятник у стен Кремля.