Past Continuous - действие имело место в определенный момент в прошлом (что делала, чем занималась)
She was reading when I came (at 4, the whole day). "Она читала (чем занималась) , когда я пришла (в 4 часа, целый день). "
Past Perfect - действие, ПРЕДШЕСТВОВАВШЕЕ другому действию в прошлом, или совершенное до какого-то момента в прошлом. "When I came, she had already washed up" " She had washed up by 4" Когда я пришла, она уже помыла посуду (до моего прихода) . Она помыла посуду к 4 часам.