Результатом деятельности Негласного комитета стана реформа высших государственных органов. 8 сентября 1802 г . был издан Манифест, по которому вместо коллегий были учреждены министерства: военное, военно-морское, иностранных дел, внутренних дел, коммерции, финансов, народного просвещения и юстиции, а также Государственное казначейство на правах министерства.
В решении крестьянского вопроса, обсуждаемого в Негласном комитете, Александр I был крайне осторожен. Император считал крепостничество источником социальной напряженности, но был убежден, что общество не готово к радикальным реформам. 20 февраля 1803 г . был издан указ о «вольных хлебопашцах», который предоставлял помещикам возможность освобождать крестьян с землей за выкуп. Указ носил рекомендательный характер и не пользовался большой популярностью у помещиков: за весь период царствования Александра I в разряд «вольных хлебопашцев» перешло менее 0,5% крепостных.
С осени 1803 г . значение Негласного комитета стало падать, а его место занял Комитет министров. Для продолжения преобразований Александру I нужны были новые люди, преданные лично ему. Новый виток реформ был связан с именем М. Сперанского. Александр Г сделал Сперанского своим основным советником и помощником. К 1809 г . Сперанский по поручению императора подготовил план государственных преобразований под названием «Введение к уложению государственных законов». Согласно этому плану необходимо было осуществить принцип разделения властей (законодательные функции сосредоточивались в руках Государственной Думы, судебные - в руках Сената, исполнительные - у министерств). Все население России по плану М. Сперанского делилось на три сословия: дворянство, «среднее состояние» (купцы, мещане, государственные крестьяне) и «народ рабочий» (крепостные крестьяне, мастеровые, прислуга). Все сословия получали гражданские права, а дворяне - права политические.
Император одобрил план Сперанского, но не решился проводить широкомасштабные реформы. Преобразования коснулись исключительно центральной системы государственного управления: в 1810 г . был учрежден Государственный совет -законосовещательный орган при императоре.
В 1810-1811 гг. была закончена реформа системы министерского управления, начатая еще в 1803 г . Согласно «Общему учреждению министерств» (1811) было образовано восемь министерств: иностранных дел, военное, морское, внутренних дел, финансов, полиции, юстиции и народного просвещения, а также Главное управление почт, Государственное казначейство и ряд других ведомств. Вводилось строгое единовластие. Министры, назначаемые царем и подотчетные только ему, образовали Комитет министров, статус которого как совещательного органа при императоре был определен лишь в 1812 г .
В начале 1811 г . Государственный совет отказался утвердить проект новых реформ. Стал очевиден провал всего плана Сперанского. Дворянство отчетливо ощущало угрозу уничтожения крепостного права, Растущая оппозиция консерваторов приобрела настолько угрожающий характер, что Александр I был вынужден прекратить преобразования. М. Сперанский был отстранен, а затем сослан.