Наиболее существенными источниками питания Енисея являются дождевые и талые воды, меньшее значение имеют воды от таяния ледников в горах. Подземные воды как источник питания играют второстепенную роль.
Енисей относится к типу рек смешанного питания с преобладанием снегового. Доля менее 50%, дождевого 36—38%, подземного в верховьях до 16%, к низовьям она уменьшается.