Чаще всего споры головни попадают на здоровые зерновки во время уборки урожая и молотьбы и сохраняются на них до посева.
Вместе с зерном споры попадают в землю и прорастают в нити грибницы.
Грибница проникает в проростки зерновых растений и растёт внутри стебля, питаясь его соками.
Ко времени цветения злаков грибница головневого гриба достигает колоса. Здесь она сильно разрастается, образует массу спор, разрушает зерновки и превращает их в чёрную пыль.
Часто зерновки пшеницы разрушаются полностью. Вместо одной зерновки пшеницы образуется от 8 до 20 млн спор гриба.
Колоски становятся похожи на обуглившиеся головешки.