Необходимо оплатить (что?) проезд. Никакой предлог здесь не нужен. Оплата - она не ЗА, оплата (чего?) проезда.
Эти факты служат доказательством (чего?) виновности подозреваемого. Норма не подразумевает никакого предлога.
Я скучал по (кому?) вам - дательный падеж. Скучать по вас - предложный падеж, устаревший .