Вони формують кишечну мікрофлору. Вони розщеплюють низку речовин, що не піддаються дії ферментів травної системи. Окрім того, мікрофлора кишечника виробляє цілий ряд необхідних нам сполук. Так, саме мікроорганізми є головними постачальниками вітаміну В12. До того ж вони перешкоджають розвитку хвороботворних бактерій та інших шкідливих організмів.