Ждать у моря погоды - напрасно надеяться на что-либо и не предпринимать ничего для исполнения желаемого, находиться в состоянии неопределенного ожидания.
Выражение возникло во времена парусного флота, когда приходилось дожидаться благоприятной погоды для плавания. При переносном употреблении смысл - "томиться в вынужденном и неопределенно-длительном состоянии".
Слово погода здесь имеет значение "хорошая погода".
Делать погоду - иметь решающее значение в чем-либо.
При французском королевском дворе держали астрологов, которые якобы могли не только предсказывать погоду, но и влиять на нее. Там же и существовала пословица: "делать дождь и хорошую погоду". На самом деле астрологи, умело составляя прогнозы, влияли на решения монархов.
В России пословица появилась в более укороченном варианте "делать погоду" и употребляется в значениях "определять ход дела", "иметь решающее влияние".