Бактерии — очень мелкие организмы. Клетки бактерий обычно меньше, чем клетки эукариот. При этом между собой клетки разных форм бактерий могут отличаться в среднем раз в 10. То есть разброс в их размерах достаточно большой. В общей сложности, чем меньше клетка, тем интенсивнее в ней идут процессы жизнедеятельности. А поскольку клетки бактерий меньше, чем клетки эукариот, то понятно, почему бактерии интенсивно размножаются и недолго живут.
Так как у бактерий нет ядра, то их хромосома находится прямо в цитоплазме, в центральной ее части. Обычно у бактерий только одна хромосома, причем она замкнута в кольцо.
У бактерий есть цитоплазматическая мембрана, отделяющая цитоплазму, но нет настоящих внутренних мембранных структур (хлоропластов, митохондрий и др.). Обычно функцию этих структур берут на себя своеобразные впячивания цитоплазматической мембраны внутрь цитоплазмы. Считается, что на заре эволюции хлоропласты и митохондрии эукариотических клеток образовались из клеток бактерий, которые были поглощены будущими эукариотами, но не переварены ими.
Обычно у клеток бактерий есть клеточная стенка. Однако она отличается от клеточных стенок растений. Если у растений клеточная стенка состоит из целлюлозы, то химический состав стенок бактерий и структура самих клеточных стенок бывают разными. В клеточной стенке бактерий есть белки, жиры и углеводы.
Кроме клеточной стенки у бактерий с внешней стороны могут быть слизистые капсулы.
У бактерий могут быть жгутики для движения и ворсинки для прикрепления к субстрату и транспорта веществ внутрь клетки.
По форме клеток бактерии бывают очень разными: похожими на палочки, округлыми, спиралевидными и др.