Уганда расположена на северо-западе Восточно-Африканского плоскогорья, в области Великих Африканских озёр, в основном в зоне саванн и редколесий субэкваториального пояса.
Поверхность Уганды — плоскогорье высотой 1000—1500 м, с отдельными горными вершинами (массив Рувензори, высота до 5109 м). Плоскогорье расчленено долинами, зачастую заболоченными.
Климат субэкваториальный, летом влажный, смягчённый значительной высотой над уровнем моря. Средние температуры самого холодного месяца 20 °С, самого тёплого 25 °С.
В растительности преобладают высокотравные саванны, сохранились небольшие массивы тропических лесов.
Животный мир богат — водятся слоны, бегемоты, буйволы, антилопы, жирафы, львы, леопарды, обезьяны. Много птиц и пресмыкающихся (крокодилы, змеи), а также насекомых (муха цеце, малярийный комар и др.). В реках и озёрах много рыбы.
Ранее в Уганде водилось достаточно много носорогов, но в результате 20-летней гражданской войны их не осталось. Последний носорог в дикой природе был замечен в 1983 году. В 2001 году из Кении были привезены 2 носорога в зоопарк города Энтеббе. Для разведения носорогов был специально создан питомник Накасонгола, которому были подарены 4 носорога. В 2009 году у одной из самок в питомнике родился детёныш, он стал первым носорогом, родившимся в Уганде за последние 20 лет.