Мораль басни "Безбожники" заключается в том, что "мнимые мудрецы" нередко обманывают доверчивых людей, подталкивая их к неразумным поступкам. В конце концов под влиянием таких "мудрецов" люди нередко вредят самим себе и попадают в беду.
Исследователи считают, что образ басни основан на классическом мифе о борьбе Титанов, детей земли, с Олимпийскими богами. По мнению В. В. Каллаша, под безбожным народом Крылов мог подразумевать французов, с которыми в тот период Россия вела войны.