Опорно-двигательная система
Вместе с покровным эпителием мышцы плоских червей образуют кожно-мускульный мешок. Мышечные волокна расположены в несколько слоев. Роль опоры для мышц частично выполняет паренхима.
Пищеварительная система
Состоит из ротового отверстия и двух отделов кишечника - переднего (глотки) и среднего. Анальное отверстие отсутствует. Неперевареные остатки пищи выводятся через ротовое отверстие.
Выделительная система
Представлена системой разветвленных канальцев (протонефридий), заканчивающихся в паренхиме особой звездчатые клетки с пучком ресничек и сочетаются с внешней средой с помощью выделительных отверстий.
Нервная система
Нервная система лестничного типа. Разделяется на центральную и периферическую. Центральная состоит из основных узлов (ганглиев) и нервных стволов, соединённых перемычками. Особенно хорошо развиты парные продольные (боковые или брюшные) стволы. Периферийная представлена нервными отростками и окончаниями.
В свободноживущих форм на переднем конце тела сосредоточены органы чувств. Как орган осязания используется вся поверхность тела, а у некоторых видов есть и небольшие парные щупальца. Механические и химические раздражители воспринимаются длинными неподвижными ресничками, связанные с нервными клетками. У некоторых видов есть органы равновесия (статоцисты). Глаза есть почти во всех свободноживущих видов.