Система відтворення риб представлена ??статевими залозами або гонадами (у самців - сім'яників, у самок - яєчник) і вивідними протоками.
Круглороті мають примітивну систему відтворення. Вони все роздільностатеві, мають непарні гонади часточкової будови. Вивідні протоки у них відсутні і зрілі статеві продукти через розриви стінок гонади потрапляють спочатку в порожнину тіла, а потім через статеві пори надходять в сечостатевої синус і виводяться назовні. Запліднення у круглоротих зовнішнє.
Хрящові мають складну систему відтворення, їм властиво внутрішнє запліднення, яйцеживорождение, а у деяких живорождение.
Самки хрящових риб (а також осетрових, Двоякодихаючих і деяких костистих) мають парні яєчники, які у них відокремлені від яйцепроводів. Роль яйцеводов у хрящових виконують мюлерові канали. Парні яйцепроводи відкриваються в порожнину тіла непарної лійкою. Дозріле яйце через розрив стінки фолікула випадає в порожнину тіла і через воронку в яйцепровід, де і відбувається його запліднення. У яйцеводах розташовуються скорлупові залози, де яйце спочатку покривається студенистой білковою оболонкою, а потім щільною рогоподобной оболонкою, часто має вирости і джгути. У задній частині яйцеводи мають особливі розширення - матки, що відкриваються разом з сечовим сосочком в клоаку.
У осетрових риб сечостатева система займає проміжне положення між хрящовими і костистими рибами. У них (як і у Дводишні риб) зберігаються яйцеводи з воронками. Обидва яйцевода зливаються разом і відкриваються одним отвором назовні за анальним. Клоаки немає. Запліднення зовнішнє. Від сім'яників відходять насінні канальці, які, як і у хрящових, пройшовши через передню частину нирок, потрапляють в загальні вивідні протоки (вольфови канали), що є одночасно і сечоводами. Крім того, у самців осетрових зберігаються рудименти яйцеводов з воронками, які сполучаються з загальним вивідним протокою.
Костистим рибам властиво повне розділення статевої і видільної систем. Вольфови канали виконують роль сечоводів, мюлерові канали повністю скорочені. Більшість риб мають парні статеві залози. Статевими протоками служать особливі короткі канали, які є задній подовженою частиною гонад.
У самців насінники складаються з системи насіннєвихканальців, що відходять від його стінок і впадають в загальний вивідний проток. Канальці сім'яника відкриваються в семяпровод, в нижній частині якого іноді утворюється розширення - насіннєвий пляшечку. Сім'япроводи обох сім'яників відкриваються назовні загальним статевим або сечостатевим отвором.
Залежно від форми насінники і розташування вивідної протоки розрізняють насінники: 1) ціпріноідного типу (або ацинозні насінники); поперечний зріз насінники округлий або овальний; насінні канальці сильно розгалужуються і відкриваються в вивідний проток, що проходить уздовж його верхньої частини; ділянки сім'яних канальців нагадують ампули, пляшечки (ацинус - бульбашка) (Карпова, осетрових, лососеві, оселедцеві, сомів, щукові); 2) перкоидних типу (або радіальні насінники); на поперечному зрізі мають форму трикутника; насінні канальці розташовуються радіально і майже не розгалужуються; вивідний проток знаходиться зверху насінники і глибоко занурений в його товщу (окуневі).
У самок яєчники мають внутрішню порожнину, в яку звисають яйценосні пластинки. У більшості костистих риб оболонка яєчника триває у вигляді короткого протоки - яйцепроводу в сечостатевої синус або в самостійне статевий отвір (яєчник закритого типу). У деяких видів (лососеві, в'юнів, щиповки, муренових) яйцеводов немає, яйця випадають в порожнину тіла і через статевий отвір виходять назовні (яєчник незамкнений - відкритого типу).
Запліднення у більшості кісткових риб зовнішнє, у небагатьох видів внутрішнє. При внутрішньому заплідненні самець вводить насіння в статеві шляхи самки за допомогою спеціальних совокупительних органів: генітального сосочка (бички-подкаменщики); гоноподием - зміненого ділянки анально- го плавця (гамбузія); Приапу - округлого органу, скелет якого утворений елементами плечового і тазового поясів (неостетус).
Більшість видів кісткових риб роздільностатеві. Однак є винятки - у кам'яних окунів і морських карасів відзначений нормальний гермафродитизм: кожна особина має і чоловічу, і жіночу статеві залози, зазвичай дозрівають по черзі, що запобігає самооплодотворение. У деяких Губанових риб обидві залози можуть функціонувати паралельно, що супроводжується швидким перетворенням особини з самця на самку і назад (морської юнкер).