Ланцетник как и позвоночные животные относится к Типу Хордовые. Ланцетник и позвоночные имеют ряд существенных общих признаков. Однако у ланцетника в процессе эмбрионального развития хорда не замещается позвоночником. Хорда представляет собой упругий стержень вдоль тела ближе к спинной стороне. Ланцетника относят к подразделу низших хордовых.
Таким образом, строение ланцетника чем-то похоже на строение Позвоночных, а чем-то на Беспозвоночных. Поэтому его можно считать переходным звеном между этими двумя группами животных. Сформированные у ланцетника отличия от беспозвоночных определили в дальнейшем процветание позвоночных животных. Основные отличия ланцетника от беспозвоночных перечислены ниже.
У ланцетника нервная система представлена нервной трубкой, которая находится на спинной стороне тела. В то время как у беспозвоночных нервная цепочка находится на брюшной стороне.
У ланцетника кровоток идет так, что на брюшной стороне кровь движется вперед (от заднего конца тела к переднему), а на спинной - назад (от переднего к заднему). У беспозвоночных все наоборот.
Положение нервной системы и движение крови говорит о том, что ланцетник — это как бы перевернутое беспозвоночное животное, у которого брюшная сторона тела стала спинной.
Ланцетник дышит не всем телом, а через рот, откуда ток воды омывает жаберные капилляры (здесь кислород попадает в кровь) и удаляется через жаберные щели. Развитию такого дыхания мог способствовать образ жизни ланцетника. Часто он зарывается в песок и выставляет наружу передний конец тела.
Большинство беспозвоночных животных являются первичноротыми. Это значит следующие. Когда из зиготы развивается эмбрион, то сначала получается шарик из клеток — бластула. После чего у шарика как бы втягивается вовнутрь одна сторона и получается что-то вроде чаши с узким горлышком — гаструла. У первичноротых отверстие этой чаши становится ртом. Однако у иглокожих (которые являются беспозвоночными), ланцетника и позвоночных это отверстие становится анальным, а рот в последствие формируется на другом конце зародыша. Таких животных называют вторичноротыми. То, что ланцетник по этому признаку схож с иглокожими, говорит о их близком родстве, т. е. у хордовых и иглокожих мог быть общий предок.