Щоб переробляти живильні речовини, які надходять в мікроорганізми, їм необхідно багато енергії. Вона також необхідна для розмноження і росту. Щоб отримати енергію, мікроорганізми дихають.
Дихання бактерій полягає в тому, що органічні речовини, які мають більш складну формулу, окислюються до більш простих. При цьому процесі вивільняється біоенергія.
Рослини є аеробами і їм, щоб дихати, необхідний О2, а продуктом його переробки є вуглекислий газ. Але на відміну від грибів у рослин, як і у синьо-зелених водоростей, паралельно з диханням відбувається процес фотосинтезу.
Рослини і синьо-зелені водорості при цьому виділяють О2 більше ніж поглинають, коли дихають. При відсутності сонячного світла рослини тільки дихають. І при нестачі кисню рослини гинуть. Але це не відноситься до факультативних форм.