Формирование лизосом в клетке происходит благодаря деятельности комплекса Гольджи. Лизосомы образуются в результате слияния везикул из комплекса Гольджи с эндосомами. Эндосомы - это везикулы, которые образуются эндоцитозом, поскольку участок плазматической мембраны зажимается и интернализуется клеткой. В этом процессе внеклеточный материал поглощается клеткой. По мере того как эндосомы созревают, они становятся известными как поздние эндосомы.
Поздние эндосомы сливаются с транспортными везикулами из Гольджи, которые содержат кислотные гидролазы. После слияния, эти эндосомы в конечном итоге превращаются в лизосомы.