Ковтальний рефлекс - сполучна ланка між першою і другою стадіями ковтання. Він складається з декількох рухів. М`яке небо рухається вгору (підняття піднебінної фіранки), перекриваючи сполучення між ротової і носової полостью- глоткові м`язи скорочуються (глоткова перистальтика), гортань піднімається, надгортанник відхиляється назад і перекриває повітряний шлях в трахею. Відзначається змикання голосових зв`язок, що змінюються розслабленням перстнеглоточной м`язи, верхнього стравохідного сфінктера.