В последних числах января Гоголя настиг новый душевный кризис. Толчком к нему стало известие о смерти сестры поэта Н. М. Языкова. Гоголь задумывается о смерти. Его посещают сомнения в полезности заново написанного им второго тома. Он обвиняет себя в том, что слишком возгордился, не достиг нравственного совершенства, возмечтал стать спасителем человечества. В своих собственных глазах он превратился в преступника, который не только не прославил Россию, но и оклеветал ее. Эти мысли привели Гоголя к выводу, что второй том не только его творческая неудача, но и крах всей жизни. Он понял, что не смог совместить художественное творчество с религиозным служением.
В этом, возможно, Гоголь укрепился после бесед со своим духовником, священником Матвеем Константиновским. Душевный кризис Гоголя настолько усилился, что писатель попросил о причащении Святых Тайн, через несколько дней в ночь с 11 на 12 февраля сжег второй том «Мертвых душ» (остались черновики пяти глав). Через десять дней после сожжения рукописи 21 февраля 1852 года Гоголь умер. Он погиб, раздавленный тяжестью воображаемой вины.
Хоронили Гоголя тысячи людей. Его отпевали в университетской церкви Св. Татьяны, оттуда до места погребения в Даниловом монастыре гроб несли на руках профессора и студенты Московского университета. Над могилой писателя был поставлен надгробный памятник, на котором высекли надпись со словами из книги библейского пророка Иеремии: «Горьким словом моим посмеются».