В области происходит деградация почв, почвенного плодородия, снижается содержание гумуса, уменьшается фонд элементов питания, прежде всего фосфора, разрушается почвенный поглощающий комплекс. На значительной площади проявляются процессы ветровой и водной эрозии, увеличивается засоленность и закисленность почвы.
Усилился процесс засоления почв. В худшую сторону меняется состав солей. Если раньше преобладало сульфатно-натриевое засоление, то сейчас в результате подъема грунтовых вод, переувлажнения почв протекают химические реакции с образованием соды, которая в 100 раз токсичнее сульфата натрия.
В результате деятельности ПО "Маяк" загрязнены стронцием-90 почвы сельхозугодий на площади - 0,38 тыс почвы черноземные, выщелоченные, часть территории занимают солонцы