Значительные колебания уровня воды, обусловленные почти исключительно летне-осенними муссоными дождями, которые составляют до 75 % годового стока. Колебания уровня в русле реки относительно межени составляют от 10—15 метров в верхнем и среднем и до 6—8 на нижнем Амуре. При этом во время наиболее сильных ливней разливы на среднем и нижнем Амуре могут достигать 10—25 километров и держаться до 70 дней. После строительства гидроузлов на основных притоках Зея, Бурея и Сунгари, летне-осенние паводки на реке менее выражены и в нижнем течении реки изменения уровня составляют 3—6 м.