Особенно важным оказался XVII в. Смута, происшедшая вслед за ознаменованным рядом бедствии, и прежде всего жестоким голодом, царствованием Бориса Годунова, вновь выдвигает Православную Церковь как важнейший фактор национального самосознания, без которого было бы невозможно новое государственное строительство в России. Так, церковное благословение привело в движение Нижегородское ополчение, что позволило сохранить в1612 г. Российскую государственность. И здесь мы, прежде всего, видим духовных вождей России - патриарха Ермогена, собственной жизнью заплатившего за восстановление Российской государственности. Троицкого келаря Авраамия Палицина, вдохновлявшего русских воинов на их подвиг по освобождению страны от интервентов, нижегородского протопопа Савву Ефимьева, благословившего русское ополчение в поход на Москву.
Но особая страница в истории созидания российской государственности открывается в 1613 г. , когда от лица Освященного Собора, т. е. епископата Русской Церкви и ведущих представителей ее клира, исходит инициатива созыва Земского Собора для избрания главы Государства Российского. Этот Собор, на котором были представлены сословия Русской Земли, являет собой самобытную форму народного представительства, неизвестную в остальной Европе. Ведь представители сословий собирались на Земский Собор не ради политической игры, чтобы отвоевывать у верховной власти привилегии, но затем, чтобы ответить на ее вопрошания, как обустроить Государство Российское. Тогда выбор первого царя Михаила из династии Романовых был обусловлен тем, что его отец, авторитетный боярин Федор Романов, насильно постриженный в монахи в свое время Борисом Годуновым, а затем ставший митрополитом Ростовским и Ярославским Филаретом (в 1619-1633 гг. патриарх всея Руси) виделся как духовный руководитель строительства возрождаемой российской государственности. Не случайно затем в течение всего царствования Михаила Федоровича Земские Соборы созывались верховной властью практически ежегодно, с тем чтобы ее начинания могли опереться на авторитет Церкви и быть выражением народных чаяний.
Особое значение в деле государственного строительства имел Земский Собор 1649 г. , выработавший Соборное Уложение, которое заложило основу свода российских законов.
При этом ситуация, в которой находилась Православная Церковь в Российском государстве, не оставалась неизменной. Набирая силу, государственная власть постепенно все более сужала церковную юрисдикцию равно как ее влияние на сферу внутрицерковной жизни постоянно возрастало. При этом, хотя и нечасто. возникали конфликты между предстоятелями Русской Церкви и высшей государственной властью, когда поведение последней представлялось вызовом христианским основам российской государственности или же вмешательство в церковную жизнь могло послужить ее подрыву, а следовательно, и подрыву самих основ народной жизни. Таковым было столкновение в 1561 г. митрополита московского Филиппа с царем Иваном Грозным после введения им террористического режима опричнины, которое стоило мужественному первосвятителю не только митрополичьей кафедры, но и жизни. В связи с этим можно также вспомнить конфликты патриарха Никона с царем Алексеем Михайловичем и конфронтацию местоблюстителя патриаршего престола митрополита Стефана Яворского с Петром I.
Однако при всем этом для русской иерархии никогда не было свойственно стремление заместить собой государственную власть. Собственно у Русской Церкви не возникало соблазна клерикализма, получившего большое распространение в Средние века в Западной Европе, чем во многом были вызваны затем крупные социальные конфликты эпох Реформации и Просвещения.
Когда же Петр I стал осуществлять преобразование российской государственности на началах просвещенного абсолютизма, то церковному управлению он отвел особую роль. Ликвидировав патриаршество и прекратив созывы Освященных Соборов в качестве высшего органа церковной власти, он озаботился об образовании постоянно действующего высшего управления духовных сил,