Грибы играют важную роль в круговороте веществ в природе. Они разлагают органические вещества почвы до неорганических, которые далее усваиваются растениями. Почвенные грибы, в первую очередь плесневые, играют исключительную роль в процессах почвообразования. В грибах накапливаются органические вещества, которые после разрушения грибницы превращаются в перегной.
Ученые доказали, что микориза положительно влияет на жизнедеятельность растений. Кроме шляпочных, микоризу образуют многие плесневые грибы. Они вступают во взаимовыгодные отношения преимущественно с травянистыми растениями, включая большинство культурных видов.
Плодовые тела шляпочных грибов потребляют многие животные: млекопитающие (белки, мышевидные грызуны, барсуки, кабаны, косули), птицы, наземные моллюски и особенно насекомые.