Озеро Танганьика чрезвычайно глубокое. Если принять в расчет высоту окружающих его гор, то глубина впадины, которую заполняет озеро, составит примерно 3300 метров от вершины до основания. Эта впадина скорее похожа на фьорд, чем на часть рифта. Озеро Ньяса значительно мельче, но и его дно находится ниже уровня моря. Мощный сток озера осуществляется через реку Шире. Остается неясным, почему эта река такая полноводная, тогда как озеро Танганьика не имеет настоящего стока. Очевидно, испарение Танганьики превышает поступление воды за счет стока и осадков.Эти озера славятся необычной фауной рыб. Только в их водах получили заметное развитие виды семейства хромисов (Cichlidae). Из девяноста видов хромисов восемьдесят девять эндемичны для Танганьики и сто семьдесят один из ста семидесяти пяти — для озера Ньяса, между тем как в озере Альберт, которое долгое время было связано с Нилом, из семи видов эндемичны только два. В озерах Ньяса и Танганьика соответственно девяносто восемь и девяносто девять процентов видов хромисовых специфичны для своих родных озер, а для озера Альберт специфичны всего двадцать девять процентов.Исключительно быстрое размножение хромисов объясняется отсутствием крупных хищных рыб и длительной изоляцией. В озерах Рудольф и Альберт, имеющих нильскую ихтиофауну, распространен хищный нильский окунь, а в озере Ньяса, располагающем самой богатой фауной семейства хромисовых, нильского окуня и тигровой рыбы нет. Однако оба хищника обитают в озере Танганьика, где процент эндемичных хромисовых еще очень высок. Из этого можно сделать вывод, что на развитие видов хромисов большое влияние оказывают в первую очередь длительная изоляция, глубины и размеры озера, а не присутствие хищников. В Танганьике эндемичные формы выработались не только у рыб. Для этого озера характерны многочисленные моллюски, эндемично подсемейство водяных клопов и многие специфические ракообразные. Ручейники Limnoecetis tanganyikae настолько изменили свой образ жизни, что потеряли способность летать. Наконец, здесь встречается и водяная кобра (Boulengeria annulata stormsi), которая полностью отказалась от сухопутного образа жизни, свойственного всем другим кобрам.Почти во всех африканских озерах вода мутная, а в Танганьике абсолютно прозрачная. Впадающие в озеро водотоки в большинстве своем протекают по песчаным почвам и приносят мало ила. Кроме того, они начинаются в кислых почвах или скальных породах, так что микроорганизмы в воде не размножаются и не мутят ее. Волны формируют чистые бухты из гальки, в них приятно плавать, если не думать о том, какая под тобой глубина.Кроме верхнего 70-метрового слоя, воды Танганьики и Киву безжизненны; вследствие отсутствия циркуляции воды придонного слоя никогда не поднимаются к поверхности. В насыщенной солями и лишенной кислорода воде рыбы существовать не могут. В самых глубоких частях озер верхние слои воды подстилаются 1300-метровым слоем мертвой воды. Совершенно не понятно, как могла здесь развиться такая исключительная ихтиофауна и фауна моллюсков. Одна из самых интересных рыб — представитель семейства анчоусовых — даага (Stolothrissa tanganyikae). Ночью даага поднимается к поверхности и рыбаки приманивают ее на свет. Рыбы так и снуют в воде, похожей на прозрачное зеленоватое стекло, уходящее в глубину на тысячи метров.Над дном озера Ньяса тоже лежит толстый слой мертвой воды. С момента своего образования (около двух миллионов лет назад) озеро никогда не было полностью связано с системой реки Замбези, откуда в него могла бы проникнуть тигровая рыба. Хотя река Шире и впадает в Замбези, но водопад Мерчисон, безусловно, препятствует миграции этой рыбы вверх по реке. В озере Ньяса водится хищный сом, но количество видов мелких хромисов он, видимо, регулирует не так активно, как тигровая рыба и окунь.