У ХIII ст. Священна Римська імперія вступила у смугу кризи, а згодом і занепаду. У 1254 р. помер останній король із династії Штауфенів. Імперія припинила свої намагання підкорити Італію і перестала бути суперницею римських пап: у ній розпочався період міжцарів'я (1254-1273 pp.).
Німеччина розпалася на багато світських та церковних володінь, міст і окремих рицарських володінь. З цього найбільше скористалися князі, які округлювали свої володіння і зміцнювали владу. Після формального відновлення влада імператора була настільки ослабленою, що він реально управляв лише своїми родовими володіннями. Імперські князі ревно стежили за посиленням імператорської влади і прагнули обрати імператором слабшого. У період міжцарів'я встановився порядок, коли імператора обирали сім наймогутніших князів імперії, яких називали курфюрстами. На імператорську корону претендували представники з родин Габсбургів і Люксембургів.
У середині XIV ст. політичний центр імперії перемістився в Чехію. Імператор Карл IV (1346-1378 pp.) з династії Люксембургів був одночасно і королем Чехії. У своїй політиці основну увагу він приділяв власним родовим володінням: перебудував Прагу, заснував 1346 р. Празький університет, проте у всьому спирався на німецьких переселенців, що згодом призвело до гострого національного конфлікту в Чехії та гуситського руху. Карл IV, розуміючи, що утримувати імперію під своєю владою він не зможе, вирішив закріпити існуючий стан речей, за якого імперія лише об'єднувала окремі самостійні князівства, міста та ін. Так, у 1356р. він оголосив Золоту буллу, що закріплювала роздробленість Німеччини.
Булла підтверджувала порядок обрання німецького короля курфюрстами більшістю голосів. Король після коронації папою римським ставав одночасно імператором. Булла закріплювала привілеї князів на вищий суд, розроблення копалень, монети, збирання золота. Дозволялося вести «законно оголошені» війни. Проте війни васалів проти сюзерена було заборонено. Золота булла стала основою для законів імперії аж до її ліквідації 1806 р. Від кінця XV ст. імперію почали називати Священною Римською імперією германської нації.