Завоевание Киргизии Кокандским ханством в 1-й трети 19 в. было вызвано политическими мотивами, а также расширением его торговых интересов в Восточном Туркестане и России. Торговые пути Вост. Туркестана проходили через Киргизию, и правители Кокандского ханства стремились установить свой контроль над ними, а заодно превратить Киргизию в рынок сбыта, источник скотоводческого сырья и доходов от обложения населения различными видами податей и сборов. На территории ханства жили узбеки, таджики, кипчаки, киргизы и часть казахов, жестоко эксплуатировавшиеся местными феодалами и ханской властью. В период господства Кокандского ханства в Киргизии стал усиленно распространяться ислам. Первое время киргизы платили кокандскому хану в основном 3 вида податей: тюндюк-зекет — по овце с юрты, алал-зекет — по одной голове с 40 голов скота и харадж — земельный налог. Кроме того, время от времени взималась военная подать в размере одной тилли (кирг. дилде — золотая монета) или 3-х баранов с юрты. Тяжёлой повинностью для киргизского населения южной части Киргизии и Таласской долины был также обязательный набор мужского населения в ханскую армию.
В первой половине 19 в. и позже, особенно во время войн против Хивы и Бухары, кокандский хан Худояр (кирг. Кудаяр) призывал всё мужское население кочевых районов Киргизии в ополчение.
Кокандское завоевание принесло трудящимся массам Киргизии тяжёлый феодальный гнёт и нищету. Кирг. народ неоднократно поднимался на борьбу против деспотизма кокандских ханов: в 1832 вспыхнуло восстание нарынских, в 1843 — иссыккульских, в 1845 — ошских киргизов, в 1857 произошло восстание аулиэатинских казахов и таласских киргизов. В 40—60-е гг. 19 в. в них участвовали мелкие и средние скотоводы, рядовые земледельцы, обнищавшие и разорённые в результате грабительской политики кокандских властителей, а также некоторая часть феодальной киргизской знати. Весной 1873, не выдержав насилия и тяжёлого налогового бремени, против Худояр-хана выступили жители Юга Киргизии. Кокандский хан вначале попытался подавить волнение, но зверски убив 40 кирг. и кипчакских старшин, прибывших на переговоры с ним, вызвал открытое народное восстание. В июле 1873 восставшие киргизы взяли Узген и хорошо укреплённый стратегич. пункт в горах Сук, в котором хранилась секретная казна Худояр-хана. Далее кирг. и кипчакские повстанцы взяли Уч-Коргон, Ош, Сузак и Булак-Башы. К восставшим присоединились и оседлые узбекские народности, ок. 3 000 кокандских сарбазов перешло на сторону повстанцев.
Осенью 1873 киргизы южных районов края приняли решение стать подданными Российского гос-ва и тем самым избавиться от ига Кокандского ханства. Пример северных киргизов, ещё в 50—60-е гг. 19 в. добровольно вошедших в состав России, оказывал большое влияние на население Юга Киргизии. Но после превращения Кокандского ханства в 1868 в вассала России представители царского правительства отрицательно отнеслись к восстанию и переходу южных киргизов в пределы Токмакского уезда. 4 мая 1874 доверенные лица племени мундуз вновь обратились к представителям царской администраций с просьбой принять 2 тыс. кибиток киргизов в подданство России. Но местные царские военные власти опять отказались принять южных киргизов в российское подданство.
На втором этапе народного восстания 1875—76 против жестокости Худояр-хана совместно выступили киргизы и узбеки. Тираническим правлением Худояр-хана были недовольны не только трудящиеся массы узбеков, киргизов и кипчаков, но и ряд представителей имущих классов. Особенно усилилось недовольство Худояр-ханом в связи с увеличением налогов, что признавали даже высшие ханские чиновники. Новый подъём восстания высшие ханские военачальники решили использовать для свержения Худояр-хана и провозглашения ханом его сына Насреддин-бека, правителя Андижана. В ночь с 21 на 22 июля 1875 половина ханского войска — ок. 4 000 чел. пехоты ушли из Коканда и присоединились к восставшим. Худояр-хан, лишившись остатков своих войск, бежал в Ходжент под защиту русских властей. 24 июля 1875 духовенством, сановниками и населением г. Коканда на ханский престол был избран Насреддин-бек. 4 авг. 1875 туркестанский генерал-губернатор Кауфман послал письмо Насреддину с официальным признанием его кокандским ханом, а 9 окт. 1875 в Коканде произошёл новый переворот. Молодой хан Насреддин с сотней приверженцев бежал из Коканда от восставших киргизов и узбеков, подобно своему отцу, в Ходжент, под покровительство России.