Сердце у крокодила не трехкамерное, как у всех остальных пресмыкающихся, а четырехкамерное. Не только предсердие, но и желудочек разделены продольной перегородкой на правую и левую части. Чистая артериальная кровь, поступающая из легочных сосудов в левую часть сердца, не смешивается здесь с венозной кровью, проходящей через правое предсердие и правый желудочек. Следовательно, в этом отношении крокодилы отличаются и от земноводных, и от остальных пресмыкающихся и приближаются к высшим позвоночным – птицам и млекопитающим, у которых сердце также четырехкамерное.
Но все же кровеносная система крокодилов отличается от кровеносной системы высших – теплокровных – животных: у последних в артерии поступает только чистая артериальная кровь из левого желудочка сердца, а у крокодилов в главный артериальный ствол попадает и венозная кровь, и следовательно, артерии разносят по телу смешанную кровь. В этом отношении крокодилы, несмотря на свое четырехкамерное сердце, мало отличаются от других пресмыкающихся. И только голова (головной мозг! ) через сонные артерии получает у крокодилов чистую артериальную кровь.
В результате крокодилы, подобно всем другим пресмыкающимся, в целом остаются животными холоднокровными, и их жизнедеятельность сильно зависит от окружающих температурных условий.