Емельян Пугачев в большинстве случаев обладает негативными качествами характера. Он самоуверен и самолюбив.
Для его образа характерна жестокость. В романе Пушкин не указывает конкретных примеров его жестокости. Это его качество характера обнаруживается в комментариях других персонажей, часто переданных читателю через Гринева. Так, например, молодой человек утверждает, что окружающие считали Пугачева «ужасным человеком, извергом, злодеем». Повстанец – обманщик и плут – его не смущает его ложь, фактически он не видит в ней ничего постыдного.
Отправляясь к Пугачеву, чтобы освободить Машу, Гринев «вспоминал об опрометчивой жестокости, о кровожадных привычках» спасителя своей возлюбленной.
В то же время сердцу Пугачева не чужды жалость и гуманность – он проникается симпатией к Гриневу и способствует освобождению Маши Мироновой, не казнит самого Гринева после отказа служить ему.
У Пугачева удачно получается играть роль образованного, воспитанного человека (по крайней мере среди своих сподвижников). Он делает вид, что умеет читать и писать, хотя на самом деле не обучен грамоте. «Наши светлые очи не могут тут ничего разобрать. Где мой обер-секретарь?» – говорит он, чтобы скрыть этот факт.