•Неадекватная работа компьютера (сильное замедление производительности и прочее.Я тут не рассматривал заражение компьютера вирусами-шутками, которые могут дергать курсор и делать прочие гадости)
•Утечка трафика(завышенное потребление интернета)
•Периодические ошибки в системе и программах (вирус может пытаться отключить или ослабить защитные свойства системы)
•Удаление/шифрование файлов (но если произойдет шифрование, то это вы скорее всего увидите на экране вируса-шифровальщика, который скорее всего будет вымогать деньгу XD).
А в целом в последнее время вирусы становяться все более скрытные, при некоторых обстоятельствах их даже могут не заметить антивирусы, но это другой разговор. Поэтому я советую:
1. Стараться не посещать небезопасные сайты (можно установить расширение для браузера, которые может помочь эти сайты обойти (например Web of Trust)
2. Использовать качественные лицензионные антивирусы.
3. Также есть вариант сидеть на малораспространенной системе, но это не для всех. (Linux,BSD и др.)