Релігійно-політична реформа Ехнатона не дістала в суспільстві належної підтримки. Фараон не зумів переконати народ, що настала пора зректися язичеської релігії, яка стала способом життя єгиптян. Фараон явно поспішив знищити дуже популярний в країні культ Озіріса, який обіцяв нужденним і пригнобленим царство справедливості бодай на тому світі. Сонцепоклонницька реформа не зняла соціальну напругу в суспільстві, навпаки, посилила її, принісши народу нові економічні тягарі (будівництво столиці й храмів Атону обернулося для єгиптян новими податками та примусовими роботами), розв’язала руки чиновникам для масових службових зловживань. За 17 років мирного царювання фараона-реформатора підупав і міжнародний престиж Єгипту, через що культ Атона став для патріотично настроєних єгиптян символом приниження їхньої держави.
Окремі єгиптологи не вважають фараона-реформатора ані диваком, ані романтиком, ані безмежним владолюбцем, ані недругом аристократів та столичного жрецтва. Він, на їхню думку, мав свої релігійні уподобання і достатню владу, щоб надати їм офіційного статусу. Звеличуванням культу Атона фараон не підривав релігійну ортодоксію, адже її в Єгипті не існувало. Реформаторська діяльність Ехнатона була цілком безпечною для фіванської аристократії і жрецтва, тому вони не перешкоджали фараонові тішитись своїми нововведеннями. Після смерті Ехнатона ніяких реакційних зрушень в Єгипті не сталося, а відбулося поступове повернення до традиційного релігійного життя.