Фуга строится по жестким канонам: есть короткая тема одноголосная (как бы звено), которая затем разветвляется и путем различных преобразований превращается в фугу. В данном случае фуга трехголосная. Тема снчала звучит в тональности, а затем появляется в другом голосе в тональности доминанты, затем она же проходит в третьем голосе, причем предыдущие два голоса продолжают свое развитие и т.д. Она (тема-мини-звено) проходит во всех голосах по многу раз как есть или в перевернутом виде, или в обратном порядке ("ракоход") или в расширении (в два раза медленнее когда выписана крупными длительностями), а в конце самой фуги все темы проходят в стреттном (сжатом) проведении т.е.практически в трех голлсах одновременно! в общем из одного микро звена вырастает огромнейшее произведение, очень строгое по структуре.
Прелюдия же пишется довольно свободно и имеет свой развернутый тональный план с различными модуляциями -- некое путешествие по тональностям частенько в виде разложенных аккордов или арпеджиато. Это и есть принципиальное отличие от фуги, имеющий жесткий и строгий каркас.
Сходство же в основном в самой тональности и некоторых мелодических опеваниях похожих.