Царевич Алексей тяжело переживал расставание с матерью. Между ним и отцом постепенно вырастала стена отчуждения. Во многом в этом виноват был сам Пётр I, почти не уделявший времени сыну. По отзывам современников, царевича окружали «разнузданные люди» и невежественные священники, в обществе которых он постоянно выступал против упразднения отцом старых обычаев и говорил, что он тотчас же по вступлении во власть вернёт Россию к прежнему, а также грозил всех любимцев отца искоренить.
Отчуждение отца и сына ещё более возросло после второго брака Петра 1 — с Мартой Скавронской (в православии — Екатериной Алексеевной), уроженкой прибалтийских земель, с которой царь познакомился в доме Меншикова. Екатерина была миловидна, бойка и не чуждалась нововведений. Только она могла успокоить царя во время вспышек его необузданного гнева. В 1711 г. Пётр обвенчался с ней.
Непросто складывавшиеся отношения отца с Алексеем в конце концов привели к трагедии. Наследник был настроен против проводимых реформ. Пётр I всё чаще и чаще задумывался о будущем. Кто продолжит его дело? И будет ли оно продолжено? Сначала он увещевал сына, повелевая жить «честно» и «прилежать больше к учению», но это не помогало. Тогда под угрозой лишения престола царь потребовал от сына переменить «свой нрав». В ответ царевич изъявил готовность уйти в монастырь. Алексей признавался: «Не токмо дела воинские и прочие отца моего дела, но и сама его особа зело мне омерзела». В 1716 г. он бежал к императору Священной Римской империи Карлу VI.