Комплементарность - это взаимное соответствие молекул или их фрагментов, когда они пространственно как бы дополняют друг друга.
При этом этом молекулы связываются между собой, но это непрочные связи, это могут быть водородные или гидрофобные связи или электростатическое притяжение, и хотя эти связи слабые, когда их достаточно много они обеспечивают устойчивые молекулярные комплексы.
Например у молекулы ДНК таким образом удерживаются рядом 3 цепи благодаря возникновению водородных связей между комплементарными азотистыми основаниями: тимин - аденин - 2 водородные связи, цитозин - гуанин - 3 водородные связи.