Органы выделения — метанефридии. Метанефридий состоит из воронки с ресничками и выводного канальца. Реснички воронки гонят жидкость в каналец, идущий в другой сегмент. Каналец окружен кровеносными сосудами, осуществляющими обратное всасывание нужных веществ, и открывается выводным отверстием сбоку на теле червя. Метанефридии кольчатых червей являются прообразами нефронов хордовых животных.