Начало церковных реформ Петра. После прихода к власти (1689) Пётр не проявлял открыто своего отношения к Русской церкви. Все изменилось после смерти авторитетного патриарха Иоакима (1690), а затем матери (1694). С патриархом Адрианом (1690—1700) Пётр мало считался. Никем не сдерживаемый, юный царь кощунствовал — устроил пародию на конклав — «всеплутейший, сумасброднейший и всепьянейший собор князя Иоанникиты, патриарха Пресбургского, Яузского и всего Кукуя», где участников благословляли скрещенными табачными чубуками, а сам царь играл роль дьякона. Пётр отказался участвовать в шествии па осляти в Вербное воскресенье, когда патриарх въезжает в город на осле, которого под узду ведет царь. Мистерию о въезде Христа в Иерусалим он посчитал умалением царского достоинства. Огромное значение для Петра имела поездка в Европу в 1697—1698 гг. Пётр увидел, что в протестантских странах церковь подчиняется светской власти. Он беседовал с королем Георгом и с Вильгельмом Оранским, последний, ссылаясь на пример родной ему Голландии и той же Англии, советовал Петру, оставаясь царем, сделаться «главой религии» Московского государства.
Тогда у Петра сложилось убеждение в необходимости полного подчинения церкви царю. Впрочем, действовал он осторожно, ограничиваясь поначалу повторением законов Уложения. Указом от января 1701 г. был восстановлен Монастырский приказ со светскими судами. Управление церковными людьми и землями, печатание духовных книг, руководство духовными школами поступило в ведение Монастырского приказа. Указом от декабря 1701 г. царь отнял у монастырей право распоряжаться доходами, поручив их сбор Монастырскому приказу. Пётр стремился ограничить численность духовенства, в первую очередь монахов. Велено было устроить их перепись, запретить переходы из одной обители в другую и не совершать новых пострижений без разрешения государя.