В ходе войны 1941—1945 годовполитическое руководство СССР окончательно отказалось от планов скорейшего уничтожения религии и церкви и перешло к политике частичного возрождения религиозной жизни в стране под жёстким государственным контролем.
4 апреля 1942 года в Москве на Пасху на одну ночь был отменён комендантский час. Объявление по радио об этом состоялось за несколько часов до служб, которые прошли в условиях светомаскировки и на которых присутствовало по оценке НКВД до 85 тысяч человек.
14 сентября 1943 года при СНК СССР был созданы Совет по делам Русской православной церкви (СДРПЦ); 19 мая1944 года — Совет по делам религиозных культов (СДРК)[39], на которые возлагались задачи осуществления взаимодействия между правительством и, соответственно, Московской Патриархией и «религиозными объединениями мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-григорианской, старообрядческой, грекокатолической, католической и лютеранской церквей и сектантских организаций». Советы должны были разрабатывать проекты соответствующих законодательных актов и постановлений правительства, наблюдать за исполнением законодательства о культах; Советы имели в республиках, областях и краях своих уполномоченных.
Хотя Положения «О порядке открытия церквей» от 28 ноября 1943 года и «О порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов» от 19 ноября 1944 года[40] предполагали многоступенчатость и длительность процедуры открытия новых культовых учреждений, открытые на занятой немцами территории учреждения культа после восстановления советского режима на данной территории регистрировались как «фактические действующие» и, как правило, не закрывались. В 1946 году на территории СССР насчитывалось 10547 соборов, церквей и молельных домов, в том числе в РСФСР — 2816 церквей, молельных домов и соборов