Атом состоит из ядра и электрона. А молекула из атомов. Атомы обладают свойством захвата дополнительного захвата или потери электрона и в результате возникает частица называемая ионом. Еще атомы в целом не имеют электрического заряда потому что число отрицательных электронов равна числу положительно зараженных протонов. Молекулы состоят из 4,5 даже из 10 тысяч атомов.например (ДНК). Общее то что они оба связанные системы.