Война закончилась подписанием Ям-Запольского (1582 год) и Плюсского (1583 год) перемирий. Россия лишалась всех завоеваний, сделанных в результате войны, небольших территорий на границе с Речью Посполитой и приморских балтийских городов с землями (Копорья, Яма, Ивангорода) . Владения бывшей Ливонской конфедерации оказались разделены между Речью Посполитой, Швецией и Данией.