Первичная, или врождённая, алекситимия, имеет выявляемый органический субстрат. Это могут быть незначительные пороки развития, последствия гипоксии во время беременности или в родах, перенесённые в раннем возрасте заболевания. Это стойкая форма алекситимии, плохо поддающаяся лечению.
Вторичная алекситимия появляется в старшем возрасте у соматически здоровых лиц. Она может быть следствием серьёзных нервных потрясений, стрессов, различных психотравм, неврологических заболеваний. Ряд психиатрических болезней (шизофрения, аутизм и др.) сопровождаются алекситимией.