1b Is he working there today? (вопрос только про сегодня, а не работу вообще, ежедневно, поэтому используем Present Cont.)
2a What are you doing at the moment? (вопрос про данный момент - используем Present Cont.)
b What do you do? (Вопрос про профессию, обычное занятие - нужно использовать Present Simple)
3a Why are they finishing early this afternoon?
b Do they usually finish work at 4 o'clock?
4a Does the company develop new software programs? (подсказка уже в ответе - глагол does)
b What is it currently developing? (действие, протекающее на момент речи)