Малышке почудилось что-то недоброе в той тишине, которая стояла в селе. [ 1, которая 2]. (Цифрами обозначены грамматические основы). 1 основа: что-то недоброе - подлежащее, почудилось - сказуемое; 2 основа является придаточным предложением, которая - подлежащее, стояла - сказуемое).