За типом харчування бактерії ділять на дві трупи: автотрофні і гетеротрофні. Автотрофні бактерії синтезують органічні речовини з неорганічних. В залежності від того, яку енергію використовують автотрофы для синтезу органічних речовин, розрізняють фото- (зелені та пурпурові сіробактерії) і хемосинтезіруючи бактерії (нитрифицирующие, залізобактерії, безбарвні сіробактерії та ін) . Гетеротрофні бактерії харчуються готовими органічними речовинами відмерлих залишків (сапротрофи) або живих рослин, тварин і людини (симбіонти) .
До сапротрофам відносяться бактерії гниття і бродіння. Перші розщеплюють азотовмісні сполуки, другі — вуглець-містять. В обох випадках виділяється енергія, необхідна для їх життєдіяльності.